Новый алгоритм может точно определить мутации, одобренные естественным отбором в больших разделах генома человека

Упорядоченный геном единственного человека приводит примерно к половине терабайта данных информации – это – практически столько информации, сколько Вы обнаружите 106 DVD. Пример населения размера 1 000 человек содержит в 1000 раза больше информации.

Так, дабы изучить таковой большой количество данных, исследователи обратились к вычислительным способам.«наука и Информатика данных играются большую роль, дабы лучше осознать кодекс судьбы и раскрыть скрытые образцы в отечественном геноме», сообщил Али Акбари, аспирант и первый автор газеты в вычислительной технике и электротехнике в Калифорнийском университете Сан-Диего. «Мы разбираем в широком масштабе громадные комплекты людских геномных данных, дабы в конечном итоге улучшить отечественное познание генетического основания заболеваний».

Исследователи детально излагают метод, назвал iSAFE, в выпуске 19 февраля Способов Природы.Большое количество существующих геномных аналитических подходов смогут найти, какие конкретно области генома человека развиваются под давлением выбора. Довольно часто, эти регионы громадные, покрывая миллионы пар оснований и не проливают свет на определенные мутации, каковые отвечают на давление выбора. iSAFE не должен знать функцию геномного региона, что это разбирает либо каждая демографическая информация для народонаселения, которому это в собственности.

Вместо этого исследователи применяли население генетические сигналы, отпечатанные в геномах выбранных методов и людей машинного обучения, дабы точно выяснить мутацию, одобренную выбором.В естественном отборе соседние мутации ‘путешествуют автостопом’ с мутацией, которая есть объектом хорошего выбора, приводя к утрата генетического разнообразия около привилегированной мутации. iSAFE эксплуатирует сигналы в соседних последовательностях, так именуемые «области плеча», дабы определить привилегированную мутацию.

«Находя привилегированную мутацию среди десятков тысяч другого, автостопа, мутации были похожи на проблему иголки в стоге сена», сообщил Акбари, что трудится в исследовательской группе учителя информатики Винита Бэфны в Школе Джейкобса Разработки в Сан-Диего UC.Дабы проверить метод, исследователи руководили iSAFE на областях генома, каковые являются отчизной известных одобренных мутаций. Метод оценил верную мутацию как лучшую больше чем из 21 000 возможностей в 69 процентах случаев, в противоположность современным способам, каковые лишь сделали это в 10 процентах случаев.Метод кроме этого выяснил массу ранее малоизвестных мутаций, включая пять, каковые включают гены, которые связаны с пигментацией.

В этих обстоятельствах iSAFE выяснил аналогичные мутации в многократном неафриканском населении. Это предлагает ранний ответ на начало выбора, потому, что люди мигрировали из Африки.Изучение было поддержано частично Национальным Национальными Институтами и научным фондом Здоровья.Идентификация привилегированной мутации в хорошей отборной зачистке

Соответствующие авторы: Али Акбари, Отдел Электротехники и Computer Engineering и Vineet Bafna, Разработка и Факультет информатики, UC Сан-Диего.Соавторы: Арья Ирэнмехр и Сиэвэш Мирараб, Вычислительной техники и Отдел Электротехники, UC Сан-Диего; Mehrdad Bakhtiari, Разработка и Факультет информатики, UC Сан-Диего; Джозеф Дж.

Витти и Пардис Сабети, Отдел Organismic и Evolutionary Biology, Широкого Института и Гарварда MIT и Гарварда.


17 комментариев к “Новый алгоритм может точно определить мутации, одобренные естественным отбором в больших разделах генома человека”

  1. Сирия. Снятые дроном кадры уничтожения турками российского ЗРПК *Панцирь-С1* с активным радаром. Весь расчет успешно отправился на концерт Кобзона. Это всё, что вам нужно знать о хваленной мощи российского металлолома. Для всего остального есть Союзмультфильм и машина пропаганды

Оставьте комментарий